與1901年獲得諾貝爾物理學獎的普通X射線或1979年獲得諾貝爾醫學獎的計算機層析成像（computerized tomography,CT）相比，磁共振成像的最大優點是它是當前少有的對人體沒有任何傷害的安全、快速、準確的臨床診斷方法。如今全球每年至少有6000萬病例利用核磁共振成像技術進行檢查。具體說來有以下幾點：
1. 對軟組織有很好的分辨力。對膀胱、直腸、子宮、陰道、骨、關節、肌肉等部位的檢查比CT優勝；
2. 各種參數都可以用來成像，多個成像參數能提供豐富的診斷信息，這使得醫療診斷和對人體內代謝和功能的研究方便、有效。例如肝炎和肝硬化的T1值變大，而肝癌的T1值更大，作T1加權圖像，可區別肝部良性腫瘤與惡性腫瘤；
3. 通過調節磁場可自由選擇所需剖面。能得到其它成像技術所不能接近或難以接近部位的圖像。對于椎間盤和脊髓，可作矢狀面、冠狀面、橫斷面成像，可以看到神經根、脊髓和神經節等。不像CT只能獲取與人體長軸垂直的橫斷面；
4. 對人體沒有電離輻射損傷；
5. 原則上所有自旋不為零的核元素都可以用以成像，例如氫（H）、碳（C）、氮（N和N）、磷（P）等。