磁力除垢儀是通過在管道中引入永磁系統來實現的。在金屬離子上出現永久的雙極子,它可以使金屬離子(和其他帶電荷的或有極性的物質)和管道表面或用水設備間產生排斥力。這樣磁力改變導致管垢形成的物理分子結構,運用復合波紋來改變周圍環境的條件以粉碎電離子間的鍵,以及令它們合成穩定的非管垢物質。磁效應還可以進一步對通過磁區的流體產生有效影響。