這種方法得到特別關注、但它能提供磷酸肽中磷酸化氨基酸的定位，可以在非磷酸肽占主導地位的混合物中鑒別磷酸肽，此方法使用的是磷酸酶 。用簡單的 MALDI-TOF儀器就可以得到磷酸化蛋白水解后產生肽段的質量，同樣的樣品用磷酸酶處理后，除去了絲氨酸，蘇氨酸和酪氨酸上的磷酸，再分析其質量。任一個減少了 80u 的質量數，都將預示著這一肽段被磷酸化了。MALDI 做這一實驗的優點是產生的肽段離子更傾向于單質子化，使譜圖解析比 ESI 更容易，用不同的化學方法處理絲氨酸或蘇氨酸磷酸肽．既除去除了磷酸又使發生磷酸化修飾的絲氨酸或蘇氨酸殘基脫水，實際上標記了先前的修飾位點。磷酸肽用堿處理后發生磷酸的β-消除，同時伴隨氨基酸側鏈的脫水，使氨基酸殘基表現出獨特的質量（比正常值少 18u) 。這一手段結合 MS/MS 技術，已應用于高磷酸化的profilaggrin 磷酸化位點的鑒定。 展開 | 