1、腦損傷綜合征
如腦炎、腦外傷、腦血管病、一氧化碳中毒等病變的恢復期可以有類似表現，但常伴有智力損害、肢體癱瘓、神經麻痹，腦CT或腦電圖異常可幫助鑒別。
2、甲狀腺機能亢進
患有甲亢的患者有類似神經官能癥的表現，但通過臨床體檢化驗可以發現一些甲亢特有體征，如眼球突出、雙手細震顫、甲狀腺輕度腫大、血中T3、T4增高等可資鑒別。
