由于 神經功能障礙，深感覺和痛覺缺失，不能自覺地調整體位，關節反復受到機械性損傷，加之局部神經-血管營養障礙和代謝不良，共同引起關節和軟組織退行性破壞。NA的發病機制尚不十分清楚，既往較普遍認為是由于神經病變而引起關節損傷。但自從Charcot描述本病以來，已經支持神經血管性機制，亦即神經性營養障礙發病機制。
1.損傷說闡明關節的病理改變是由于無痛性反復損傷的結果。然而，NA的臨床和放射學表現常常提示除了損傷的原因以外，還有其他原因Charcot的原始描述強調神經變性引起骨和關節的營養障礙提示交感神經作用使骨和關節血流改變，導致 骨關節持續性充血和骨質吸收。因此NA的真實發病機制可能是神經性骨關節損傷和神經性血管營養障礙兩者相結合所致。
2.由于神經功能障礙，深感覺及痛覺缺失，不能自覺地調整體位，關節容易受到反復的機械性損傷，加之局部軟組織和骨關節的神經血管營養障礙、代謝不良等，以致受損的骨面、骨端和軟組織破壞及退行性變。因機體反應不同，可有骨質萎縮稀疏，骨端碎裂或吸收；更多是新骨增生，骨贅形成，骨贅斷裂脫落形成碎屑游離體；關節 內出血滲液使關節腫脹、關節囊肥厚；因關節囊和周圍韌帶松弛，最后可使整個關節支離破碎，關節半脫位、脫位或完全瓦解。