對色譜柱傷害較大。離子對試劑會對色譜柱造成不可逆的傷害,離子對試劑和固定相結合產生不可逆吸附,進而影響固定相活性位點。比如十八烷基硅膠鍵合色譜柱,離子對試劑會影響色譜柱鍵合,從而達到分析樣品的作用。這種反應對色譜柱影響很大,而且離子對試劑很難從色譜柱上沖洗干凈,會大大縮短色譜柱的使用壽命。
實驗條件不穩定。
離子對試劑的濃度與其樣品的保留時間有直接的影響,而且離子對試劑對pH值比較敏感,配制流動相時要求精確度較高。否則直接影響實驗的重復性和重現性。
