截面研磨法是在樣品和離子槍之間安裝一個遮擋板，使樣品局部突出遮擋板邊緣，然后用離子束照射樣品。沿遮擋板邊緣濺射突出邊緣的部分，由此可獲得切割均勻的截面。使樣品突出遮擋板數十微米至100微米，并以±15～40°旋轉樣品桿，以防產生離子研磨痕跡（細條紋）。截面研磨普遍適用于塊狀樣品和多層結構等機械研磨難以精加工處理的樣品。
