通常情況下，離子色譜可以分為三種類型：離子交換色譜、離子排斥色譜、離子對色譜。
1、離子交換色譜：
離子交換色譜以離子間間作用力不同為原理，主要用于有機和無機陰、陽離子的分離。
2、離子排斥色譜：
離子排斥色譜基于Donnan排隊斥作用，是利用溶質和固定相之間的非離子性相互作用進行分離的。它主要用于機弱酸和有機酸的分離，也可以用于醇類、醛類、氨基酸和糖類的分離。
3、離子對色譜：
離子對色譜的分離機理是吸附、分離的選擇性主要由流動相決定。該方法主要用于表面活性陰離子和陽離子以及金屬絡合物的分離。