離子阱有全掃描和選擇離子掃描功能,同時具有離子儲存技術,可以選擇任一質量離子進行碰撞解離,實現二級或多級MSn分析功能。但離子阱的全掃描和選擇離子掃描的靈敏度是相似的。廣泛應用于蛋白質組學和藥物代謝分析。已經出現了很多離子阱質譜與其它分析儀器聯用的技術,如氣相色譜-離子阱質譜聯用儀(GC-ITMS)、FTR-ITMS聯用技術。