在種子發芽箱中進行種子的發芽試驗，發芽條件的控制是非常重要的。而這些發芽條件包括水分和通氣、溫度、光照。
一般來說，大多數種子發芽需要光照條件。所以針對于不同的種子，種子發芽箱中設定的光照度也會不相同。而發芽應按規定的溫度進行，種子發芽箱的溫度在發芽期間應盡可能一致，需要注意的是有光照時，應注意不應超過規定溫度的最高限度，儀器的溫度變幅不應超 過±1℃。在種子發芽期間，種子周圍要有足夠的空氣，同時注意通氣，尤其是在紙卷或砂床中應注意，紙卷須相當疏松；用砂床和土壤試驗時，覆蓋種子的砂或土 壤不要緊壓。
另外要掌握發芽床和種子特性，從而決定發芽床的加水量，如砂床加水量為其飽和含水量的60％；如紙床吸足水分后，瀝去多余水即可；如用土壤作發芽床，加水至手捏土粘成團，用手指輕輕一壓就碎為宜。發芽期間發芽床必須始終保持濕潤。
在種子發芽箱中，只有注意控制好這些發芽條件，那么就可以大大提高種子的發芽率，同時為種子實驗提供準確的試驗數據。