雖然穩定同位素質譜分析精確度比較高，但必須注意由于實驗過程和儀器工作條件的變化所引起的測量誤差，具體表現在：①儀器的空白本底；②儀器管道中的記憶效應；③測量峰的拖尾現象；④儀器進樣系統的混閥問題；⑤樣品制備中的相互污染等。穩定同位素質譜儀廣泛應用于土壤圈中含碳、氮、氧、氫和硫元素的物質循環，以及它們對生態環境影響的研究。
