兩者的原理上的區別:等電聚焦是根據被分離的蛋白質組分間的等電點的差異被分離,具有不同等電點的蛋白質會停留在相應的pH區帶,而普通的SDS-PAGE凝膠電泳是根據蛋白質組分間的分子量大小差異進行分離的,分子量不同的蛋白質會停留在相應孔徑的凝膠層。