等電聚焦電泳色譜儀是利用蛋白質分子或其它兩性分子的等電點不同，在一個穩定、連續和線性的pH梯度中進行分離。等電聚焦是在電泳介質中放入載體兩性電解質，當通以直流電時，載體兩性電解質形成一個由陽極到陰極逐步增加的pH梯度，不同的蛋白質移動到其相當的等電點位置上，聚焦于一個狹窄區帶中的過程。
一、進行等電聚焦電泳必須具備的條件：
1、有一個在電泳條件下基本穩定、重復性良好的pH梯度。
2、有一個抗對流的電泳材料，使已經分離的樣品不再重新混合。
3、電泳后有適當的方法來鑒定分離的區帶。
二、優點：
1、分辨率高。一般樣品不需提純，可用來測定混合物中某一成分的相對比例。
2、靈敏度高。
3、電泳區帶相當狹窄。
4、重復性好。
三、缺點：
1、要求用無鹽溶液，而在無鹽溶液中蛋白質可能發生沉淀。
2、樣品中的成分必須停留在其pI，不適用在pI不溶或發生變性的蛋白質。