FCM通過熒光抗原抗體檢測技術對細胞表面抗原分析，進行細胞分類和亞群分析。這一技術對于人體細胞免疫功能的評估以及各種血液病及腫瘤的診斷和治療有重要作用。有大量文章介紹了淋巴細胞亞群等在各種疾病中的變化。正常人群淋巴細胞T4/T8比值大約為2∶1，但在人體細胞免疫力低下時可出現比例倒置。用FCM還可以監測腎移植后病人的腎排斥反應，如果T4/T8比例倒置，病人預后良好，較少發生腎排異現象；反之排異危險性增加。同樣此種測定技術也用于艾滋病的診斷和治療中。還有作者報告了外周血淋巴細胞免疫表型的參考值，并對其種族、性別、年齡等影響因素進行了探討。
目前FCM用的各種單克隆抗體試劑已經發展到了百余種，可以對各種血細胞和組織細胞的表型進行測定分析。