細胞表面染色：大多數免疫表型分析均采用此方法。但由于許多抗原也同時存在細胞內，所以在細胞表面抗原檢測時應特別注意保持細胞膜的完整以保證檢測的特異性。表面標記又分溶血前標記和溶血后標記。若紅細胞對標記有影響或血漿成分對標記有影響的，適合溶血后標記，但要注意溶血劑膜抗原的影響，所以，溶血劑一般不含固定劑。如免疫球蛋白輕鏈檢測和陣發性血紅蛋白尿的檢測等。
細胞內染色：有些胞內抗原的檢測對白血病的免疫分型尤為重要，如TdT, MPO, cCD3, cCD79a 。胞內染色的關鍵是使細胞膜通透，把抗體或核酸染料導入胞內而不影響細胞骨架的完整性。還要保證固定和透膜的步驟不影響有關抗原與相應抗體的結合力和核酸與染料的結合。某些適用于胞內染色的試劑可能不適于表面標記分析。通常胞內染色不能與細胞活性的檢測同時進行，除非用EMA的方法。對于胞內染色，所用的熒光素應足夠小到能穿透到胞膜內。對于某些核酸染料（如DAPI、TO、AO等）為活細胞染料，無需固定或透膜。
胞膜和胞內染色：通常，先胞膜染色，固定，膜通透和胞內染色，最后是DNA染色。