一、分析對象差別：
1.氣相色譜儀分析對象：
（1）氣化性好，熱穩定性好，沸點低的樣品。
（2）高沸點、揮發性差、熱穩定性差、離子和聚合物樣品無法檢測。
(3)只有15至20英寸的有機物。
2.第高效液相色譜儀分析對象：
（1）溶解后可制成溶液的樣品。
(2)不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制。
（3）分子量大，氣化困難，熱穩定性差，可檢測聚合物和離子樣品。
（4）用途廣泛，約占有機物的80%-85%。
二、流動相差別：
1.氣相色譜法的流動相：
主要結果如下：(1)流動相為惰性氣體。
（2）組分與流動相之間沒有親和力，只有固定相起作用。
2.高效液相色譜儀的流動相：
（1）流動相為液體。
（二）流動相與組分密切合作，增加了提高柱的選擇性、提高分離程度的因素，對分離起重要作用。
（3）有多種流動相，有很多選擇。
（4）流動相極性和pH值的選擇在分離中起重要作用。
（5）選擇兩種或兩種以上不同比例的液體作為流動相可以提高分離選擇性。
三、工作條件差別：
1、氣相色譜工作條件：加溫工作。
2、高效液相色譜法工作條件：室溫、高壓（液體粘度高）。
