從有關花斑位置效應的事例中可以看到如果基因位置轉移到異染色質附近就會出現花斑效應，如果恢復原來位置則花斑效應便隨著喪失。這說明基因由于染色體畸變而被轉移到異染色質附近時，雖然它在功能上發生了改變，但基因本身并未發生改變。異染色質大部分是由較短的重復順序所組成，它的螺旋化和固縮程度遠遠大于常染色質，在細胞分裂期間它的DNA復制落后于常染色質，大多不能轉錄。在果蠅中已經證實異淀粉酶活性和6-磷酸葡萄糖酸脫氫酶活性的花斑現象是由于某些細胞中兩個有關基因的轉錄受阻而不是翻譯受阻的緣故。對于位置效應的機制的了解還不很多，從染色體結構和基因調控角度進行深入的研究將會闡明位置效應的本質，同時位置效應的研究也將會加深對于染色體結構和功能的了解。