巖藻多糖分子質量大、溶解性差,不容易被吸收,嚴重限制了其應用,但經過部分水解轉化成低分子質量巖藻多糖（LMWF）后,溶液的黏度會降低,溶解性增加,生理功能變得多樣。常用于巖藻多糖降解的方法包括化學法和酶法。化學降解法是指將巖藻多糖配制成水溶液,加入硫酸、三氟乙酸、鹽酸等氧化劑后加熱降解得到低分子質量巖藻多糖,Azofeifa等將巖藻多糖浸于60℃下,2mol/L的硫酸中水解24h,得到平均分子質量大約10000的巖藻多糖；吳永沛等用0.2mol/L的HCl配制2%的巖藻多糖溶液,于80℃的水浴鍋加熱,制備不同酸解時間的低分子質量巖藻多糖。酶法降解巖藻多糖常使用巖藻多糖酶催化水解高分子質量巖藻多糖得到LMWF,巖藻多糖酶可以從以小型褐藻為食物的貝類肝胰臟中提取,也可以從海洋微生物中獲得,Bakunina等從和褐藻中分離得到KMM3296和KMM3298菌株,由它們發酵產生的酶在pH值6.5～7.0時能有效的降解巖藻多糖,并且在40～50℃時還能保持較高的活力；蔡敬民等利用海洋真菌Dendryphiel-laarenariaTM94巖藻多糖酶水解海帶巖藻多糖,獲得了分子質量為8000～50000uLMWF。