純碳具有極低的對人體的毒性，并可以處理，甚至可以以石墨或活性炭的形式安全地攝取。碳可以抵抗溶解或化學侵蝕，例如，即使是面對消化道內的酸性物質。因此它一旦進入人體組織后可能會無期限存留。炭黑可能是最早用來紋身的顏料之一，如冰人奧茲被發現有炭黑紋身，這些紋身從他存活開始一直到他死后5200年后都一直存在。 [12] 然而，吸入大量煤炭（或炭黑）粉塵或煙塵是危險的，它們會刺激肺組織，并引起充血性肺病煤工塵肺。相似的，金剛石磨粉被誤食或吸入也會有危險。
碳對地球上幾乎所有生物都是低毒的，然而對某些生物是有毒的，例如碳納米顆粒對果蠅是致命的。 [13] 碳化合物種類繁多，既有致命毒素如河豚毒素、從蓖麻種子中提取的蓖麻毒素、氰化物和一氧化碳等，也有生命必需物種如葡萄糖、蛋白質。