本病多見于早產兒，大多數患兒有羊水過多史，隔膜孔大足以通過食物可無癥狀，隔膜孔小或繼發炎癥引起黏膜水腫使孔狹窄則可引起梗阻癥狀，生后不久即出現嘔吐，吃奶后即吐，呈噴射性，含乳汁和乳凝塊，無膽汁和血液，嘔吐常呈間歇性伴有食欲減退、體重減輕，一般低于標準體重10%～15%，有的甚至低25%～40%以上，進食后哭鬧、煩躁，嘔吐后緩解，嘔吐頑固則可出現脫水、堿中毒、營養不良，體檢上腹部膨隆，可有胃形有胃蠕動波，中下腹平坦，隔膜無孔（完全閉鎖）時則較早出現高位梗阻癥狀，如為兩個隔膜則被隔離的胃下部和十二指腸上部膨脹，充滿分泌物，形成一個囊性腫物，在上腹部可觸及。