①直接篩選：有些載體帶有可辨認的遺傳標記，能有效地將重組分子與本底區分。例如：有些λ噬菌體攜帶外源基因后形成的噬菌斑就會從原來的混濁變為清亮；還有些載體分子攜帶外源基因后，形成的菌落或噬菌斑的顏色有明顯變化，如藍色變為無色；有些λ噬菌體能侵染甲菌而不能侵染乙菌，攜帶外源DNA片段后便能侵染乙菌，因此乙菌釋放的噬菌體均為重組分子。
②間接篩選：有引起載體分子帶有一個或多個抗藥性標記基因，當外源DNA插入到抗藥基因區后，基因失活，抗性消失。如一質粒有A和B兩個抗藥性基因，當外源基因插入到B基因區后，便只抗A藥而不抗B藥。因此能在A藥培養基上正常生長而不能在B藥培養上生長的便是重組分子。
③核酸雜交：廣泛用于篩選含有特異DNA順序的克隆。方法是將菌落或噬菌斑“印跡”到硝酸纖維膜等支持物上，變性后固定在原位，然后與標記的核酸探針進行雜交。陽性點的位置就是所需要的克隆。
④免疫學方法：如果重組克隆能在宿主菌中表達，就可以用特異的蛋白質抗體為探針，進行原位雜交，選擇特異的克隆。