1.新生兒包涵體結膜炎
又稱新生兒包涵體性膿漏眼。新生兒出生時，在患衣原體性宮頸炎的產道中受感染。潛伏期5～12天，雙眼發病，為急性或亞急性表現，眼瞼紅腫，瞼結膜充血、肥厚、乳頭肥大，主要見于下穹隆及下瞼結膜，新生兒結膜的腺樣層尚未發育，故2～3個月內無濾泡形成，可有假膜形成。角膜受累時表現為輕度上皮炎或近角膜周邊部的上皮下小浸潤，一般不發生角膜潰瘍，分泌物多，初為漿液性，但很快發展成膿性，2～3周后轉入慢性期，晚期有顯著的濾泡形成，3個月至1年內自行消退，但嚴重病例可能有角膜瘢痕和新生血管出現。
2.成人包涵體性結膜炎
又名游泳結膜炎，因為許多患者都有在污染的游泳池游泳史，實際上此病是由沙眼衣原體D-K型泌尿系統感染后污染的手、毛巾或水等傳染到眼；有稱是一種接觸感染，潛伏期5～12天，常單眼先發病，1～3周后波及另眼，開始時結膜充血，很快眼瞼紅腫，耳前淋巴結腫大，穹隆部結膜有很多濾泡，下方最著，結膜因細胞浸潤而肥厚，結膜囊有很多膿性分泌物，結膜刮片可見包涵體，急性期消退后，結膜仍肥厚、充血、有濾泡。持續3個月至1年可恢復正常，可有結膜瘢痕但無角膜瘢痕。可能同時存在其他部位如生殖器、咽部的衣原體感染征象。