根據典型的皮膚、黏膜皰疹臨床表現，并結合某些促發因素、反復發作等特點，臨床診斷不難。但對于角膜、結膜、腔道深處（如生殖道、尿道、直腸等）以及皰疹性腦炎、其他內臟性損害而缺乏皮膚皰疹者，診斷較困難。
皰疹性腦炎、腦膜腦炎臨床診斷依據：
①急性腦炎、腦膜腦炎癥狀，但流行病學史不支持乙腦或森林腦炎。
②病毒性腦脊液表現，如為血性腦脊液或檢出大量紅細胞則高度提示本病可能。
③腦點圖、MRI提示病變以額葉和顳葉為主，呈彌漫性不對稱損害。
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