雖然各種轉座因子上所帶的基因可以很不相同，但它們都有一些共同的遺傳學效應：
（1）引起插入突變，使插入位置上出現新的基因。除了上面已經提到的由Is1和Mu引起的插入突變以外，Tn同樣能引起插入突變，那么，不管插入的轉座因子上帶有何種基因，它一方面造成一個基因的插入突變，另一方面使這一位置上出現了個新的基因。
（2）促使染色體發生畸變。由于Is1的存在，它的側揮容易發生缺失，缺失發生的頻率高出自發缺失頻率10-1000倍。
（3）切離。轉座因子可以從原來的位置上消失，這一過程稱為切離，準確的切離使插入失活的基因發生回復突變，不準確的切離并不帶來回復突變，而是帶來染色體畸變。
（4）轉座因子轉移到新的位置上后，原有位置上的轉座因子保持不變。