(1)腎盂腎炎：是多囊腎的常見并發癥，其原因尚不明了。可以不出現癥狀，尿中膿細胞很少甚至沒有。涂片染色或定量培養可作出診斷。枸櫞酸鎵-67掃描攝影術可確定感染的部位包括膿腫的位置。
(2)囊腫感染：可引起腎區疼痛并有壓痛，且出現發熱。要鑒別是多囊腎感染還是腎盂腎炎并不容易，此時行鎵掃描攝影術將很有幫助。
(3)血尿：極少數病例可出現活動性持續性肉眼血尿，甚至可危及生命。
