口蹄疫病毒有O、A、C、SAT1、SAT2、SAT3（即南非1、2、3型）和Asia1（亞洲1型）7個血清型。各型之間幾乎沒有免疫保護力,感染了一型口蹄疫的動物仍可感染另一型口蹄疫病毒而發病。
FMDV屬于小RNA病毒科（Picornaviridae）口瘡病毒屬（Aphthovirus）,是偶蹄類動物高度傳染性疾病（口蹄疫）的病原。在病毒的中心為一條單鏈的正鏈RNA,由大約8000個堿基組成,是感染和遺傳的基礎；周圍包裹著蛋白質決定了病毒的抗原性、免疫性和血清學反應能力；
病毒外殼為對稱的20面體。
FMDV的免疫是依賴T細胞的B細胞應答,疫苗接種主要誘導中和抗體的產生。