一、急性胃腸炎
潛伏期約1-2日，癥狀多較輕，低熱或不發熱，腹瀉呈水樣稀便，有腹痛而無里急后重，個別患者腹瀉嚴重類似霍亂。2歲以下兒童可表現為痢疾樣癥狀。大部分病例經2-5日自愈，重癥可持續1-2周。
二、外傷感染
因皮膚傷口接觸河水、污泥而感染。輕者僅有局部潰瘍，重者可發生蜂窩織炎。
三、敗血癥
患者有嚴重慢性疾病時，本菌可由傷口或腸道侵入血流。嗜水氣單胞菌感染敗血癥可并發感染性心內膜炎、壞死性肌炎、內眼病變和遷徙性膿腫等。
四、其他感染
本菌偶可引起術后感染、尿路感染、褥瘡感染、膽囊炎、腹膜炎、肺炎、腦膜炎、壞死性肌炎和骨髓炎等。