嬰幼兒消化不良無特征性的臨床表現，主要為腹脹、腹痛、陣發性哭吵、食欲不振、惡心、嘔吐，喂養或吞咽困難、便秘及腹瀉等。可單獨或以一組癥狀出現。
1.嬰幼兒腸痙攣多表現為陣發性易激惹、煩躁或哭鬧，開始或停止沒有明顯誘因。
2.腹脹多發生于餐后，或呈持續性進餐后加重。
3.惡心、嘔吐。對于小嬰兒，常表現為溢奶，稍大孩子常有嘔吐，一般不嚴重，嘔吐物有酸味。
4.口臭。大便惡臭，可伴隨少許不消化食物殘渣。
5.起病多緩慢，持續或反復發作。
