由于腹瀉，營養物質吸收差，再加上食欲差，攝入營養物質亦減少，可引起各種營養物質缺乏。慢性腹瀉尤為嚴重，常見有營養不良癥、營養性貧血以及各種維生素缺乏癥。小兒腹瀉病長期腹瀉后全身抵抗力低下，可繼發各種感染，常見的有中耳炎、支氣管炎、支氣管肺炎、泌尿系感染、皮膚感染和敗血癥等。
