1.營養性小細胞性貧血 患兒造血所需原料如蛋白質、鐵、維生素B12均易缺乏，故易患貧血。常見者為缺鐵性貧血。
2.維生素及微量元素缺乏 各種維生素及微量元素缺乏，尤以維生素A、B及C缺乏較常見。由于生長遲緩，鈣、磷需要較少，因之繼發嚴重的維生素D缺乏較為少見，但如患者先患佝僂病，后患營養不良則二者可同時存在。近年來發現嚴重營養不良常伴鐵、鋅、銅、硒缺乏，尤以鋅缺乏明顯。曾柏錦等報道，重度營養不良73.2%伴低血鋅。
3.感染 最常見為腹瀉、肺炎以及各種感染。易繼發支氣管肺炎、腹瀉、結核病、中耳炎、尿路感染及敗血癥等各種感染，特別是嬰幼兒腹瀉可遷延不愈，常伴電解質紊亂，如此形成惡性循環，更加重了營養不良。
4.自發性低血糖 遷延不愈的患兒有時可突然發生自發性低血糖，表現為體溫不升，面色灰白，神志不清，脈搏緩慢乃至呼吸暫停，但無抽搐，若不及時靜脈注射葡萄糖溶液，可因呼吸暫停而死亡。