起病多急驟，嬰幼兒多突然高熱（39—40℃），呈稽留熱或馳張熱，部分病例體溫可不太高，呈規則或不規則發熱，常持續數周或數月，多伴有寒顫、盜汗、食欲不振，咳嗽、面色蒼白，氣促和發紺等。肺部可聽到細濕羅音而被誤診為肺炎。約50％以上的病兒在起病時就出現腦膜炎征象。部分患兒伴有肝脾大，以及淺表淋巴結大等，臨床上易與傷寒、敗血癥等混淆。少數嬰幼兒主要表現為一般中毒癥狀如發熱、食欲不振，消瘦和倦意等而被誤診為營養不良。
6個月以下嬰兒粟粒性結核的特點為發病急，癥狀重而不典型，累及器官多，特別是伴發結核性腦膜炎者居多，病程進展快，病死率高。
全身性粟粒性結核患者的眼地檢查可發現脈絡膜結核結節，后者分布于視網膜中心動脈分支周圍。