慢性反流性腎病臨床表現各異。尿路感染發作次數、癥狀嚴重程度與反流程度和腎臟瘢痕程度無關，僅有一次感染病史的病例也可有嚴重反流。兒童發生第一次尿路感染不論其年齡、性別和癥狀嚴重程度均應進行有關檢查。小兒常在4歲以下發病，以反復發作的尿感就診。內科病者多為女性中青年，多因單側腎萎縮、腎衰尿感癥狀，高血壓等來就診。
慢性反流性腎病最常見的臨床表現是尿路感染和多發生于排尿時的脅腹痛。尿路感染發生率有63%～88%；蛋白尿的發生率為34.5%～54.7%，也可為RN的首發癥狀，因常在嚴重瘢痕形成數年后出現，提示VUR已導致腎小球病變，為預后不良指征。即使術后VUR消失腎功能仍繼續惡化。另外本病還具有潛伏性的特點，常在妊娠時因尿路感染、蛋白尿高血壓先兆子癇或腎功能衰竭被首次發現。個別患者偶爾因其他原因接受影像學檢查，而被發現單腎或雙腎瘢痕或萎縮或因發現無癥狀菌尿而考慮到本病診斷。部分病例可長期無癥狀，直到腎功能不全進入尿毒癥期才得以診斷。
慢性反流性腎病病程中常見高血壓，在開始透析的患者中75%有高血壓。在成功的抗反流手術數年后，也可發生高血壓。高血壓嚴重程度與反流程度和尿路梗阻程度無明顯相關性。臨床上高血壓發生率為10.6%～38.1%，是RN的后期常見并發癥；妊娠高血壓(妊高征)可為RN的首發癥狀。約4%嚴重妊高征病人有RN；可有夜尿、多尿、尿液濃縮功能異常；有10.2%～50%的RN可導致腎衰，一般發生腎衰的發病年齡在35歲以下。約半數病例就診時已有氮質血癥。單側性反流性腎臟病的腎衰，是由于并發了雙側腎的腎小球病變。本病還可有遺尿史(4%～20%)，腎結石(2.2%～18%)鏡下或肉眼血尿等。
