基本持征是急性起病、病程相對較短、預后大多良好。主要臨床表現包括發熱、頭痛、嘔吐和頸項強直。部分病例可伴發輕微腦實質受累而出現不同程度的意識障礙，如易激惹、嗜睡或昏睡等。早期可出現驚厥發作。一般無嚴重的腦實質損害癥狀，如癱瘓、昏迷或驚厥持續狀態。神經系統以外的伴隨癥狀常可為診斷提供線索。例如。腮腺炎病毒腦膜炎常伴發唾液腺腫痛；腸道病毒感染可伴有皮疹；如病情較重，伴淋巴結腫大或輕度肝區觸痛及皮疹，應注意EB病毒感染。年長兒伴生殖器炎癥則提示HSV-2感染。
病毒性無菌性腦膜類的病程一般為數日至2周。多數病人急性期過后恢復完全，但有些病人在隨后的幾周內可仍有頭暈、疲乏、間歇性頭痛等癥狀，個別甚至持續數月或數年。遠期隨訪還發現，病情恢復后數年內此類患兒出現學習困難、行為異常、復發性驚厥等神經精神癥狀的危險性較高。
復發性無菌性腦膜炎少見，Mollaret腦膜炎屬其中之一。該病的臨床表現以良性復發性無菌性腦膜炎為特征。腦脊液表現與病毒性腦膜炎相似，但可見到內皮樣細胞(Mol1aret細胞)，其體積較大，在體外很快溶解消失，故懷疑本病時應取新鮮腦脊液送檢。Mol1aret腦膜炎的主要表現是反復發作性的發熱、頭痛、疲勞及腦膜刺激征。急性期癥狀持續4～5天，然后迅速恢復，數周至數月后再發。反復發作可達1年以上。本病病因尚未完全明確，可能與單純皰疹病毒4型(HSV-4)或EBV有關。