E1,E2,E3對底物的泛素化可形成幾種不同的泛素化底物。有的底物蛋白只能被單泛素化,如H2B;有的底物蛋白有多個賴氨酸殘基,在合適條件下會被多位點單泛素化;還有一些蛋白在單個賴氨酸位點會形成多聚泛素鏈,這種多聚泛素鏈可以根據連接泛素鏈的賴氨酸位點的不同可以分為單一、混合以及樹枝狀的結構。