目前對肽類物質的應用主要在以下三個方面：
1.功能性食品：具有一定功能的肽類食品，目前是國際上研究的熱點。日本、美國、歐洲已捷足先登，推出具有各種各樣功能的食品和食品添加劑，形成了一個具有極大商業前景的產業。
2.肽類試劑：純度非常高，主要應用在科學試驗和生化檢測上，價格十分昂貴。
3.肽類藥物。
活性肽分子結構復雜程度不一，可從簡單的二肽到環形大分子多肽，而且這些多肽可通過磷酸化、糖基化或酰基化而被修飾。依據其功能，活性肽大致可分為生理活性肽、調味肽、抗氧化肽和營養肽等，但因一些肽具有多種生理活性，因此這種分類只是相對的。