耶爾森氏菌為動物腸道寄生菌，廣泛存在于動物體內。本菌在外界環境(河水、井水、蒸餾水)中不僅可長期生存，而且可以繁殖。本菌有嗜冷性，食品一旦被污染，在冷藏中仍能繼續繁殖，故該病冬季多發。現代文明的“電冰箱腸炎”致病菌，就是人獸共同的耶爾森氏菌。
耶爾森氏菌屬包括11個種，其中對人有致病性的有三種：小腸結腸炎耶爾森氏菌、假結核菌和鼠疫菌。只有小腸結腸炎耶爾森氏菌和假結核菌已確定是食源性病原體。鼠疫耶爾森氏菌引起黑疽病，不通過食品傳染。1981年根據DNA以及生化和形態特征的相關資料，與小腸結腸炎耶爾森氏菌極為密切3個同源群被作為耶爾森氏菌的新種命名，它們是弗氏耶爾森氏菌（Y·frederiksenii）、中間型耶爾森氏菌（Y·intermedia）和克氏耶爾森氏菌。