肝囊腫切除術
即傳統的開腹手術，是以往治療肝囊腫的主要手術方式之一，但由于切口長、創傷大、恢復較慢，還可伴有開腹手術的其他常見并發癥，目前已較少單獨應用，僅在一些需要同時處理其他病變時應用。
無水酒精治療
超聲引導下肝囊腫無水酒精治療主要是通過酒精浸泡囊壁使上皮細胞脫水、變形、壞死并喪失分泌功能，繼而囊壁皺縮粘連，最終囊腫消失。此種治療肝囊腫的措施雖然創傷較小，但治療不徹底，需反復穿刺抽液，容易復發、合并感染，僅適于體質較弱的老年和伴有其他重要器官疾病的患者。
微創手術
即腹腔鏡肝囊腫開窗引流術，是目前國內外治療肝囊腫首選最佳的方法， 是一種新技術，具有創傷小，痛苦輕，恢復快的特點。這種肝囊腫的治療方法是使用微創器械，利用腹腔內窺鏡，腹腔內照明和電子攝像系統，在體內完成肝囊腫開窗引流術。
