目前檢測腸道病毒之方式除了傳統的病毒培養鑒定法外，國內已有生物科技公司利用生物芯片（Biochip）技術研發出“腸道病毒鑒定芯片”（EV typing chip），可快速檢測出腸病毒之型別，不致延誤病患就診治療的首要時機。因腸道病毒感染易引起并發癥，且往往在一星期內即轉成重癥，所以若能提早確知所感染的病毒類型，即可掌握對癥治療的第一時間。腸道病毒鑒定芯片主要是針對并發癥較嚴重之EV 71、Cox A15、Cox A16及Cox B3等幾型腸道病毒所設計出的生物芯片，利用腸道病毒鑒定芯片的特定基因序列來鑒別腸道病毒鑒定芯片的類型。其檢驗程序是先萃取出檢體（包括血清、咽喉拭子或培養過的病毒液）中腸病毒之RNA，經反轉錄（Reverse Transcription；RT）成核酸（cDNA），再利用聚合酶鏈式反應（Polymerase Chain Reaction；PCR）放大特定之核酸片段后，進行核酸雜交反應（Hybridization），之后再利用生化方法呈色，依據腸病毒鑒定芯片上不同的顯色型態即可得知腸道病毒的類型。