1. 癥狀體征 PCP的主要癥狀包括發熱、干咳和進行性呼吸困難。體征不明顯,即使有嚴重的低氧或影像學改變時,肺部聽診也可能正常。AIDS患者和非AIDS免疫功能抑制患者并發PCP的臨床特點有所不同（可見表5）。AIDS相關PCP起病呈亞急性,癥狀持續時間更長,低氧血癥相對較輕,BALF的肺孢子菌負荷量更低。而中性粒細胞數量更少,誘導痰陽性率更高,病死率較低（10%~20%）。非AIDS免疫功能抑制患者合并PCP起病更急,進展迅速,肺部炎癥反應和低氧更重,病死率更高（30%~60%）。
2.影像學表現 胸部X線片典型改變為雙肺彌漫或者肺門旁分別的磨玻璃影或者網格影,可以進展為實變影。有癥狀的患者中約有6%起病時胸部X線片可以正常。CT或HRCT表現包括散在或彌漫分布的磨玻璃影或實變影,小葉間隔增厚。越1/3的患者可以出現薄壁的囊狀影（pneumatoceles）,單發或者多發,可以出現于肺內任何部位,也有報道上肺更多見。可以出現氣胸。少見的、不典型表現包括肺段或肺葉實變,局灶結節影伴或不伴空洞。胸腔積液、縱隔肺門淋巴結大非常少見。接受噴他脒霧化治療的患者病變以上肺多見、類似于結核。肺HIV感染的免疫抑制患者,由于肺部可能存在原發疾病表現,合并PCP時可能癥狀不典型。