苯環己哌啶會影響腦部的各種神經傳遞質系統，超量、大量的PCP可以阻擋大腦的NMDA受體，下丘腦就會失去控制，導致恐慌，混亂，像發燒一樣熱。例如：PCP會抑制多巴胺，正腎上腺素與血清素的再度攝取的功能，也會由阻礙NMDA受體而抑制谷氨酸鹽的功能。腦中某些opioid形態的受體也會受到PCP的影響。這些對腦中各種化學系統的復雜影響，大部分都屬于PCP的行為性影響。PCP會影響各種神經傳遞質系統。
