1、新引進的菌種經形態、染色、培養性狀、生化特性等的鑒別確定后作記錄，并進行保存。
2、長期保存的儲存菌株以冷凍干燥保藏為主，特殊要求的菌種可用其它方法進行保存，保存期可長達幾年至幾十年。
3、半儲存菌株以含20%甘油的肉湯或液體石臘封存的半固體瓊脂為主，在0℃以下保存，保存期為3－6個月。
4、應用菌株以瓊脂斜面為主，在4℃保存，保存期為1－3個月。
5、菌種的傳代不可超過6次。視菌種的特性及使用情況，一般儲存菌株每5年傳記代一次，每1-2年從儲存菌株轉接至半儲存菌株，半儲存菌株每3-6個月傳代一次，每1-3個月從半儲存菌株轉接接至應用菌株。
6、每次檢驗用的菌株必須是從應用菌株轉接的新鮮菌株。每支應用菌株用兩次后必須銷毀（121℃，0.1MPa高壓滅菌處理15分鐘以上）。
7、各級保存的菌株應有明確的編號、名稱、傳代數、日期等到標識。
8、菌種的收發、保存、使用、傳代等應及時認真詳細地登記，以備查核。
9、在保存過程中，如發生污染退化等問題，應及時報告，以便處理。
