肺結核患者痰病原學檢查陽性率不高 , 部分肺結核患者最終不能得到病原學的證實。這部分患者臨床稱為菌陰肺結核 , 中華醫學會結核病分會提出診斷標準如下 :
菌陰肺結核為三次痰涂片及一次培養陰性的肺結核,其診斷標準為：
1. 典型的肺結核臨床癥狀和胸部X線表現。
2. 抗結核治療有效。
3. 臨床可排除其他非結核性肺部疾患。
4. PPD (5TU) 強陽性 ； 血清抗結核抗體陽性。
5. 痰結核菌 PCR+探針檢測呈陽性。
6. 肺外組織病理證實結核病變。
7. 支氣管肺泡灌洗液檢出抗酸桿菌。
8. 支氣管或肺部組織病理證實結核病變。
肺內有病變且具備1-6中3項或7-8條中任何1項可確診。