檢測遺傳多樣性的方法隨生物學尤其是遺傳學和分子生物學的發展而不斷提高和完善。從形態學水平、細胞學（染色體）水平、生理生化水平、逐漸發展到分子水平。然而不管研究是在什么層次上進行，其宗旨都在于揭示遺傳物質的變異。任何檢測遺傳多樣性的方法，或在理論上或在實際研究中都有各自的優點和局限，還找不到一種能完全取代其它方法的技術。因此，包括傳統的形態學、細胞學以及同工酶和DNA 技術在內，各種方法都能提供有價值的資料，都有助于我們認識遺傳多樣性及其中的生物學意義。
