應用多奈哌齊的臨床經驗尚有限。因為這個原因，可能還沒有記錄到所有可能出現的相互作用。處方醫生應該了解可能會發生新的未知的與多奈哌齊的相互作用。鹽酸多奈哌齊和/或任一代謝產物都不抑制茶堿、華法令、西咪替丁或地高辛在人體內的代謝。鹽酸多奈哌齊的代謝不被同時服用地高辛或西咪替丁所影響。體外試驗顯示多奈哌齊的代謝與細胞色素氧化酶P450的同工酶3A4和2D6有關，而后者參與程度很小。體外的藥物間相互作用研究顯示，酮康唑和奎尼丁，分別是CYP3A4和2D6的抑制劑，抑制多奈哌齊的代謝。因此，這些和其它CYP3A4的抑制劑如伊曲康唑和紅霉素，以及CYP2D6的抑制劑如氟西汀均能抑制多奈哌齊的代謝。在對健康志愿者進行的研究中，酮康唑可以使多奈哌齊的平均濃度增加大約30%。酶的誘導劑，如利福平、苯妥英鈉、卡馬西平和酒精可能降低多奈哌齊的濃度。因為抑制或者誘導作用的程度尚不清楚，類似藥物的聯合應用應當非常謹慎。鹽酸多奈哌齊與抗膽堿能藥物可能存在相互作用。在與如琥珀膽堿、其它神經―肌肉接頭阻滯劑或膽堿能激動劑或β-受體阻滯劑（其影響心肌的傳導）等藥物合用時有協同作用的可能。