與病程、膿腫大小及部位、有無并發癥有關。大多緩起，有不規則發熱、盜汗等癥狀，發熱以間歇型或弛張型居多，有并發癥時體溫常達39℃以上，并可呈雙峰熱。體溫大多午后上升，傍晚達高峰，夜間熱退時伴盜汗,發熱伴寒戰者常合并細菌感染。常有食欲不振、腹脹、惡心、嘔吐、腹瀉、痢疾等癥狀，肝區痛為本病之重要癥狀，呈持續性鈍痛，深呼吸及體位變更時增劇，夜間疼痛常更明顯。右葉頂部膿腫可刺激右側膈肌，引起右肩痛或壓迫右下肺引起肺炎或胸膜炎征象，如氣急、咳嗽、肺底壓迫右下肺引起肺炎或胸膜炎征象，肺底濁音界升高，肺底聞及濕啰音，腹部有胸膜摩擦音等。膿腫位于肝下部時可引起右上腹痛和右腰痛，部分患者右下胸或右上腹飽滿，或捫及腫塊，伴有壓痛，少有左葉肝膿腫。患者有中上腹或左上腹痛，向左肩放射，劍突下肝膿腫或中、左上腹飽滿、壓痛、肌肉緊張及肝區叩痛。肝臟往往呈彌漫性腫大，病變所在部位有明顯的局限性壓痛及叩擊痛，肝臟下緣鈍圓，有充實感，質中堅。部分患者肝區有局限性波動感。黃疸少見且多輕微，多發性膿腫中黃疸的發生率較高。
慢性病呈衰竭狀態，消瘦、貧血、營養性水腫，發熱反不明顯。部分晚期患者肝腫大、質堅，局部隆起，易誤為肝癌。