分類學上不同物種的DNA分子之間可以進行分子雜交,但是,遠緣物種的DNA分子之間進行雜交分子的可能性遠比近緣物種的要小得多。例如,細菌與真核細胞DNA分子之間形成雜交分子的可能性很小；不同細菌的 DNA分子之間雜交時,能形成某些互補片段；人的DNA分子與小鼠的 DNA分子之間雜交時,只有少量的人DNA單鏈和小鼠DNA單鏈能形成雜交分子,而且只是部分堿基配對。但是,人與鼠之間的DNA 雜交分子的形成,比人與酵母之間DNA雜交分子的形成要容易。在生物進化過程中,DNA中的堿基序列也發生了變化。兩種生物的DNA單鏈之間互補程度越高,通過分子雜交形成雙螺旋片段的程度也就越高,二者的親緣關系就越近；反之,親緣關系就越遠。所以,可以通過DNA分子雜交技術來鑒定物種之間親緣關系的遠近。