基因芯片的制作方式基本可分為以下幾型：
1、Stanford型
由美國斯坦福大學開發的cDNA array的制作方法，將預先合成好的核酸探針布放于玻片載體上。 優點：設計較長的探針長度可增加專一性。 缺點：芯片密度較光罩法低，并須有良好的保存設計。
這種方法又可分為點制法與印制法。
點制法是小規模生產或實驗室自制的低密度芯片，以機械手臂上帶有毛細作用的細微刻痕的鋼針，將核酸探針溶液點放于玻片或聚酯纖維膜上。成本低廉，適合探針數少或制造需求量不大的狀況。
印制法是從噴墨打印機的方式變化而來，用加熱氣泡的方式將核酸探針印于玻片上。使用制作良好的噴頭可同時實現高密度、長探針的基因芯片；例如PhalanxJet。
2、原位合成法
原位合成(in situ synthesised)，是原來用于電子芯片制作的光刻法(Photolithography)，轉為核酸序列的合成技術。利用光罩控制反應位置，將核苷酸分子依序列一個一個接上去；可大量生產超高密度的芯片。由于制程與光罩成本等因素，這種方法做出的探針長度約在25-mer以下；因此同一個基因需要多個探針對應，以避免誤判。主要生產廠有 Affymetrix、Roche NimbleGen等。
3、微珠布放法
Illumina公司有其獨特的微珠陣列，將核酸探針制作于微小顆粒上，再將其布放于特制玻片。
4、qPCR array
在96孔或384孔標準PCR盤或384孔微流體盤中，預先合成好即時PCR引子與探針，將檢體注入后以定量PCR方式進行反應與偵測分析。分析量比傳統芯片少，屬于低密度陣列，但兼具準確定量與定性；并且設備與技術門檻低，一般分子生物實驗室即可自行操作。 新的中密度qPCr array：OpenArray是Applied Biosystems(應用生命系統公司，隸屬于Life Technologies集團)產品，在玻片大小的疏水性基板中分為數十個矩陣區域；矩陣內為親水性表面的微孔，有一組預先合成好的引子與探針。現有的規格是每片玻片有12*4 (48)個矩陣區域，每個區域為8*8 (64)孔。預計2012年有新的12K芯片與專用機臺上市。