1．高度的特異性：研究表明，兩個隨機個體具有相同DNA圖形的概率僅3×10^-11；如果同時用兩種探針進行比較，兩個個體完全相同的概率小于5×10^-19。全世界人口約50億，即5×10^9。因此，除非是同卵雙生子女，否則幾乎不可能有兩個人的DNA指紋的圖形完全相同。
2．穩定的遺傳性：DNA是人的遺傳物質，其特征是由父母遺傳的。分析發現，DNA指紋圖譜中幾乎每一條帶紋都能在其雙親之一的圖譜中找到，這種帶紋符合經典的孟德爾遺傳規律，即雙方的特征平均傳遞50%給子代。
3．體細胞穩定性：即同一個人的不同組織如血液、肌肉、毛發、精液等產生的DNA指紋圖形完全一致。