如果脫靶干擾的部分基因，正好與目的基因位于同一信號通路中，或者與目的基因的生物學功能相似，那么，如果因脫靶而干擾了其它基因，亦會造成和目的基因受到干擾后相同的細胞表型改變。而實際上，可能選擇的這條shRNA序列并沒有對目的基因造成有效干擾，或者雖然干擾了目的基因，但是并不會引起預期的細胞表型改變。
基于以上原因，自從Off-target效應被發現并被研究者們廣泛認同后，越來越多的雜志要求研究者們在投稿時需要有相應的對照來說明Off-target效應。即您需要有相關對照或者實驗來說明，您所獲得的實驗結果，不是由于Off-target效應而產生的。