糖蜜中含有很多的膠體物質、灰分和其它懸浮物質，它的存在對酵母的生長與酒精發酵均有害，故應當盡可能除去，糖蜜的澄清方法有：
⑴加酸通風沉淀法此法又稱冷酸通風處理法。將糖蜜加水稀釋至50Bx左右，加入0.2%~0.3%濃硫酸，通入壓縮空氣1小時，靜止澄清8小時，取出上清液作為制備糖液用，通風一方面可趕走SO2或NO2等有害氣體以及揮發性酸和其他揮發物質；另一方面可增加糖液中的含氧量，提高糖液的溶氧系數，以利酵母的增殖。
⑵熱酸處理法在較高的溫度和酸度下，對糖蜜中有害微生物的滅菌作用和膠體物質、灰分雜質的澄清沉降作用均較強。采用熱酸處理法，通常把酸化滅菌和澄清同時進行，工藝上在原糖蜜稀釋時，采用階段稀釋法。第一階段先用60℃溫水將糖蜜稀釋至55~58Bx，同時添加濃硫酸調整酸度，PH3.0-3.8，進行酸化，然后靜止5-6小時。第二階段則將已經酸化的糖液再稀釋到酵母培養液所需的濃度12—14%，而供發酵醪用的糖蜜經連續稀釋器一次加水稀釋至所需要的濃度。然后流入主發酵罐內。
此外，中國某酒精廠采用熱酸通風沉淀的操作過程如下：糖蜜加水稀釋到濃度為40%，然后加入一定量的硫酸，將pH調節到4.0-4.5，放入澄清槽加熱至80-90℃，通風30分鐘，通風后保溫70-80℃靜止澄清8-12小時，然后取出上層清液冷卻，以后處理按一般的工藝流程進行。所得沉淀物質可再加4-5倍的水充分攪拌，然后靜止澄清4-5小時，所得的澄清液可用作下一次稀釋糖蜜用水，殘渣則棄去。從提純效果來看，這個方法比冷酸通風處理法好。但這個方法的缺點是：澄清時間較長，需要較多澄清桶，占地面積大，花勞動力多。從減少設備腐蝕，不需冷卻設備，縮短生產周期，大規模生產采用冷酸通風沉淀方法較適宜。國內有些工廠試驗添加聚丙烯酰胺（PAM）絮凝劑來作酒母稀糖液的澄清處理，可大大縮短澄清時間。聚丙烯酰胺是由約4萬個丙酰胺單體CH2=CH-CONH2組成的。
添加絮凝劑加速澄清沉降的工藝操作如下：先將糖蜜加水稀釋40-50Bx，加一定硫酸調pH3.0-3.8，加熱100℃，添加8ppm的PAM，攪拌均勻，絮凝澄清靜止1小時，取上清液即可制備稀糖液用。
國內大多數糖蜜酒精工廠只考慮用作酒母的稀糖液進行澄清處理，而對基本糖液則不經澄清處理，這樣可大大簡化生產，提高效率。
⑶機械分離法采用壓濾法或離心機分離法。